上司与下属关系不协调，该如何处理？

我在一家机关上班，是个小职员。最近有个问题十分困扰，在一个单位里若上司讲的话下属不当一回事，甚至坚持自己的意见与立场，请问这家公司是否还有前途可言？它君不君，臣不臣的，该如何处理？是否应该看情面做事，或依上司的指示一味真干？